2.ラフ

まずイラストの大まかなイメージを決めるため、ラフを描きます。
[鉛筆]ツールや[水彩]ツールなどの描画系のツールを使用します。

線画とは別のレイヤーに試し塗りなどをして、配色も考えます。
描き終わったら[レイヤー]メニュー→ [レイヤーをすべて統合]を選択します。
統合されたレイヤーのレイヤー名を「ラフ」にします。

線画を描きやすくするため、「ラフ」レイヤーの不透明度を下げておきます。